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SMPDB小分子通路数据库简介
The Small Molecule Pathway Database（SMPDB）由加拿大卫生研究院、阿尔伯塔大学和加拿大代谢组学创新中心共同创建，是一个交互的、可视的小分子通路的数据库，包含910条手绘小分子代谢通路，其中468条药物通路，232条疾病通路，105条代谢通路，100多条其他通路。
SMPDB 包含40000多种机器可读通路，这些通路存在于人类、小鼠、大肠杆菌、酵母和拟南芥等模式生物中。SMPDB专门设计用于支持代谢组学、转录组学、蛋白质组学和系统生物学中的通路解析和通路发现。它能够做到这一点，部分原因是通过提供非常详细、完全可搜索的、超链接的代谢、信号传导、疾病、药物和生理途径图。所有 SMPDB 通路都包括有关相关细胞器、亚细胞区室、蛋白质复合物辅因子、蛋白质复合物位置、代谢物位置、化学结构和蛋白质复合物四级结构的信息。每个小分子都超链接到HMDB或DrugBank中包含的详细描述，每个蛋白质复合物或酶复合物都与UniProt超链接。所有 SMPDB 通路都附有详细的描述和参考，概述了每个图中描述的通路、条件或过程。该数据库易于浏览，并支持全文、序列和化学结构检索。用户可以使用代谢物名称、药物名称、基因/蛋白质复合物名称、SwissProt ID、GenBank ID、Affymetrix ID 或 Agilent 微阵列 ID 列表查询 SMPDB。这些查询将生成匹配路径的列表并突出显示。在每个通路图上匹配分子。基因、代谢物和蛋白质复合物浓度数据也可以通过SMPDB的映射界面进行可视化。SMPDB 的所有图像、图像映射、描述和表格都可以以多种格式下载。
