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PubChem是世界上最大的免费并且权威的化学信息数据库。由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护。PubChem数据库主要包含小分子，所以又被称为有机小分子生物活性数据库，但也包含较大的分子，例如核苷酸，碳水化合物，脂质，肽和化学修饰的大分子。PubChem收集有关化学结构，标识符，化学和物理性质，生物活性，专利，健康，安全，毒性数据等许多信息。对应每个有机分子的应用基本都能够追根溯源到较为全面的文献报道，深受生物医药和生化交叉领域的科研人员的青睐。目前为止该数据库，可检索的11600万种化合物、31000万种物质、29300万种生物活性、3700万篇相关文献、5100万项专利（截止2023年12月）。而且该数据库还会持续更新，检索界面随时改进。
PubChem由数百个数据源提供，包括政府机构，化学品供应商，期刊出版商等等。PubChem包含3个子数据库，分别是PubChem Compound(化合物)、PubChem Substance (物质)、PubChem BioAssay (生物检测剂)。PubChem支持多种形式检索功能，具体如下：
1.高级搜索 （Entrez）
Entrez 是一个主要的文本搜索和检索系统，用于 PubChem 和其他主要 NCBI 数据库中的三个主要数据库，包括 PubMed、核苷酸和蛋白质序列、蛋白质结构、基因组、分类学、生物系统、基因表达综合 （GEO） 等。
——索引和过滤器
PubChem 索引搜索是 Entrez 系统中一个非常强大的工具。用户只需键入搜索词，后跟括号内的索引字段名称即可。然后单击“开始”按钮。
——Entrez 交叉链接
当该信息可用时，PubChem 会提供与其他数据库的交叉链接。您可以从 Entrez PubChem 页面或单个记录摘要页面找到这些链接。大多数数据库间链接是相互的，这意味着它们可以在任一数据库中工作。
2.结构检索
——PubChem 结构检索
PubChem 结构检索允许按化学结构或化学结构模式查询 PubChem 化合物数据库。
——3D 结构查看器
PubChem 3D Viewer 提供了一个用户友好的界面，用于渲染 PubChem 化合物记录的多个三维结构，以及结构构象叠加的可视化。
3.分类浏览器
PubChem 分类浏览器允许浏览 PubChem 数据在感兴趣层次结构中节点之间的分布，从而提供 PubChem 数据的聚合视图。
4.生物活性和靶点
——探索生物活性
用于探索生物活性和靶标数据的分析工具
——生物活性二元组页面
生物活性二元组页面显示在特定检测中测试的给定化学品或针对特定基因/蛋白质靶标的生物活性数据。目前，我们提供三种类型的生物活性二元页面：AID-SID、Gene-CID和Protein-CID二元页面。
5.标识符交换服务
了解如何使用 PubChem 标识符交换服务（又称“身份交换”）将标识符列表从一种身份类型转换为另一种身份类型。例如，CID 列表可以转换为 SMILES 列表或 SID 列表等。
5.影像服务
成像服务可动态生成 MS 和 NMR 光谱图像以及 NFPA 钻石，提供静态 GHS 象形图和化合物的 2D/3D 描述。
6.Score Matrix 服务
PubChem 分数矩阵服务计算 PubChem 化合物数据库标识符的相似性分数矩阵。此功能也可通过 PubChem PUG 服务获得。
7.标准化服务
PubChem 中的标准化是对独特化学结构的验证和确定，该结构用于根据一个或多个提交的物质记录创建 PubChem 化合物。标准化是 PubChem Upload 管道的一部分，用于提交具有有效化学结构的记录。
